RAPTOR

apibūdinimas

RAPTOR yra novatoriška programinė įranga, skirta tiksliam baltymų struktūros prognozavimui. Tai sujungia pažangias analizės priemones viename integruotame programinės įrangos sprendime ir pateikia tris skirtingus siūlų gavimo metodus. RAPTOR unikalus sveiko skaičiaus programavimo optimizavimo metodas yra efektyviausias ieškant tikslinės struktūros šablonų su mažos sekos homologija ir sugeba sukurti aukštos kokybės modelius. Lengvai naudojama sąsaja ir lengvai suprantamos E vertės idealiai tinka pradedantiesiems ir ekspertams. Visų pirma intuityvus išvesties rodymas leidžia vartotojams suprasti rezultatus iš pirmo žvilgsnio. Atsižvelgiant į tikslinę baltymo seką, jei yra homologiškas baltymas su žinoma 3D struktūra, jį galima rasti naudojant sekos paieškos įrankius, tokius kaip PSI-BLAST, taip pat pateikiamus RAPTOR. Tada taikinio struktūra yra pastatyta iš žinomos struktūros; tačiau kai sekos homologija nėra reikšminga, t. y. mažiau nei 25%, PSI-BLAST negali pateikti patikimo smūgio. Skirtingai nuo PSI-BLAST, kuris tiesiog atlieka sekos paiešką, baltymų sriegimas, atlankų atpažinimas naudoja tiek homologiją, tiek struktūros informaciją. Jis nuskaito nežinomos struktūros baltymų seką pagal žinomų struktūrų duomenų bazę. Naudojant taškų skaičiavimo funkciją ir atliekant trijų matmenų struktūrų ir linijinių baltymų sekų suderinamumo analizę, bus nustatytas geriausias struktūrinis šablonas, iš kurio galima sukurti sekos struktūrą. Dėl to baltymų sriegimas suteikia geresnę prognozę nei homologijos modeliavimas, kai yra ribinės sekos homologija.