ZOOM Lite

apibūdinimas

„ZOOM Lite“ yra naujos kartos sekos duomenų kartografavimo ir vizualizavimo programinė įranga. Vartotojai įveda nuorodų genomus, o „Illumina/Solexa“ trumpai skaito failus arba „AB SOLiD“ spalvų erdvė skaito failus įvairiais formatais, pvz., * .Fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta ir kt. skaitoma atskaitos seka. „ZOOM Lite“ turi greitą ir tikslų kartografavimo branduolį, pagrįstą naujai sukurta daugybinių sėklų teorija. Galima apdoroti tiek vieno, tiek porinio galo skaitymus, kurių ilgis svyruoja nuo 15 iki 240 bazių. Leidžiamas bet koks neatitikimų skaičius ir vienas įvairaus ilgio įterpimas/ištrynimas tarp skaitymo ir jo tikslinės srities etaloninėje sekoje. Kiekvieno perskaitymo rezultatai bus suskirstyti pagal unikalius žemėlapius arba geriausius (geriausius N) rezultatus, atsižvelgiant į minimalius neatitikimus ir indelio ilgį. Kokybės balai naudojami siekiant pagerinti žemėlapių tikslumą. Remiantis susiejimo branduoliu, „ZOOM Lite“ leidžia vartotojams įkelti vietinius skaitymo duomenis ir nuorodų sekos duomenis, pasirinkti tinkamus parametrus, lygiagrečiai apdoroti didelės apimties duomenis iki keturių procesorių, stebėti vykdomas užduotis, saugoti žemėlapio rezultatus, peržiūrėti žemėlapių rezultatų ir išvesties atvaizdavimo rezultatų * .BED arba * .GFF failų formatais, kad būtų galima toliau tirti naudojant UCSC naršyklės takelių informaciją. Kartografavimo rezultatus galima peržiūrėti bet kokia norima skale, pradedant skaitymo gylio grafiku per visą chromosomą, baigiant išsamiais sekų derinimais tarp skaitinių ir etaloninės sekos. Vartotojai lengvai pereina į dominančius regionus tiesiog spustelėdami ir vilkite arba slinkite. „ZOOM Lite“ yra „ZOOM Studio“ programinės įrangos darinys.